Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist verzweigt und verknüpft mit dem Fortschritt der Stadt selbst. Im 16. Jahrhundert erlebte Lyon eine Blüte des Calvinismus, wobei viele Händler und geistige Persönlichkeiten sich dem neuen Bekenntnis zuwandten. Diese anfängliche Präsenz führte zu einer lebendigen reformierten Gemeinschaft, die jedoch